Kelainan hipospadia sudah terjadi dan terdeteksi sejak bayi keluar dari perut ibunya. Dalam hal ini, bayi mengalami gangguan perkembangan uretra sehingga adanya di mana saja sepanjang batang penis. Biasanya penderita hipospadia memiliki bentuk penis melengkung.
Menyarikan dari banyak teori dan anggapan, Rumah Sunatan mengidentifikasikan penyebab hipospadia sbb:
1.Pembesaran penis tidak sempurna yang membuat pembentukan uretra tergantung pada tingkat testosteron selama embriogenesis. Jika penis gagal untuk menghasilkan jumlah yang cukup dari testosteron atau jika sel-sel struktur genital kekurangan reseptor androgen yang memadai, muncul hipospadia. Maka dari itu, dokter selalu menyarankan kehamilan harus di atas 36 minggu untuk cukup lahir.
2.Faktor genetik menjadi penyebab hipospadia. Belum diketahui dengan jelas mengenai kenapa ini terjadi. Namun, faktor genetik ini menyumbang persentase sebanyak 12% berpengaruh terhadap kejadian hipospadia bila punya riwayat keluarga yang menderita hipospadia. Sebanyak 50 % berpengaruh terhadap kejadian hipospadia bila bapaknya menderita hipospadia. Jika diketahui ada riwayat keluarga hipospadia, sebaiknya ibu hamil lebih memerhatikan kehamilannya. Mulai dari asupan sampai aktivitas yang dilakukan.
3.Dari faktor nongenetik, kelainan kromosom ditemukan secara sporadis pada pasien dengan hipospadia. Faktor nongenetik utama yang terkait dengan hipospadia adalah pemberian hormon seks. Peningkatan insiden hipospadia ditemukan di antara bayi yang lahir dari ibu dengan terapi estrogen selama kehamilan.
4.Anak dengan kelahiran prematur. Penyebab hipospadia ini jelas terjadi karena bayi belum matang di kandungan dan belum siap untuk keluar dari perut ibu. Pun organ genitalnya tidak terbentuk sempurna.
5.Walau belum bisa dibuktikan secara ilmiah, namun ada dugaan kalau faktor lingkungan juga berpengaruh terhadap munculnya kelainan hipospadia. Biasanya faktor lingkungan yang menjadi penyebab adalah polutan dan zat yang bersifat teratogenik yang dapat mengakibatkan mutasi.